De stad is niet alleen beroemd om de cultuur en de mensen, maar ook om de architectuur. Zoals gezegd leem is de basis voor de architectuur van Djenné. De lemen tichelstenen worden gemengd met een mest en kaf “dat een paar weken heeft liggen rotten. En de tichelstenen worden vermetseld in natte leem, een variant van het cement.” Hout wordt alleen voor het plafond gebruikt, voor de rest wordt er niet gestut. De muren zijn daarom vrij dik – ongeveer een halve meter – en lopen naar boven toe. ”Sommige gebouwen zijn eeuwen oud. Sinds de jaren tachtig worden de monumenten van Djenne gerestaureerd en onderhouden met geld van de Nederlandse overheid. In de jaren 80 bezochten veel Nederlandse architecten deze stad vanwege zijn fenomenale leembouwarchitectuur. Djenne staat op de werelderfgoedlijst van Unesco.
Djenné is één van de weinige steden in Afrika waar de traditionele bouwkunst bewaard is gebleven. Geen andere gebouwen zijn er te vinden dan de typische Sudanese leemarchitectuur van de huizen, de moskee en de koranscholen. De oudste huizen zijn enkele eeuwen oud. Karakteristiek zijn de grote lemen binnenplaatshuizen. Ze hebben twee verdiepingen en het ingangsportaal is meestal versierd met pilasters en een geveltableau in reliëf.
Op de binnenplaats, die alleen via de vestibule is te bereiken, spelen zich de meeste activiteiten van vrouwen en kinderen af. Gedurende het grootste deel van het jaar wordt het eten buiten, op de binnenplaats, klaargemaakt en gekookt. Hier wordt ook de gierst gestampt, gewand en gezeefd. In een hoek staan de watervoorraadpotten. Vaak staan er ook nog geiten of schapen.
Aan de binnenplaats liggen de vrouwenvertrekken, de keuken, de opslagruimtes en eventueel de vertrekken van de moeder van het familiehoofd of zijn getrouwde zonen of jongere broers. Het hoofd van de familie heeft zijn vertrekken op de eerste verdieping boven de ingang. Door een gaatje in de vloer kan hij zien wie zijn huis binnenkomt.
Afvoerpijpen van aardewerk dienen voor de afwatering van het dakterras van een woonhuis. Niet alleen regenwater wordt hierdoor afgevoerd, maar ook waswater en urine, aangezien het washok en het toilet zich op het dakterras bevinden. Vroeger moest al het water in aardewerken kruiken worden aangevoerd en was het watergebruik gering. Het weinige afvalwater dat op straat terecht kwam, verdween door verdamping. Tegenwoordig hebben steeds meer huizen stromend water en begint het afvalwater overlast te veroorzaken. De Technische Universiteit van Delft is betrokken bij een proefproject om in de oude binnenstad een riolering aan te leggen.
De huizen worden gebouwd door metselaars die georganiseerd zijn in een soort gilde, de barey-ton. Het bewaakt de kwaliteit van het bouwen en het voortbestaan van de Djenné-bouwstijl. De metselaars maken hun bouwstenen zelf van leem, vermengd met mest, stro, kaf en water. Die laten zij drogen en uitharden in de zon. Bij het opbouwen van de muren brengen ze met hun blote handen natte leem als metselspecie aan. In de traditionele architectuur gebruiken de metselaars handgevormde, cilindrische bouwstenen, zogeheten djenné-ferey, oftewel djenné-stenen. Muren die van dergelijke bouwstenen zijn gemetseld hebben weinig verband en zijn minder bestand tegen hoge druk. Huizen die gebouwd zijn met deze bouwstenen, hebben wat rondere vormen. Na de jaren ’30 van de vorige eeuw gaan de metselaars over op rechthoekige bouwstenen, die zij met behulp van houten mallen maken. Deze stenen worden toubabou-ferey genoemd, stenen der blanken. Hiermee kunnen exact in het lood staande muren worden gemaakt. De nieuwere huizen van Djenné zijn dan ook herkenbaar aan hun strakke lijnen.
Leemarchitectuur is uiterst kwetsbaar. Achterstallig onderhoud, mede veroorzaakt door de verslechterende economische situatie, bedreigt de monumenten van de stad.